Assalamualaikum wr. wb

Pada dasar berdirinya, Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Medan merupakan Madrasah Diniyah Awaliyah yang dikelola oleh Badan Kenaziran Masjid Nurul Iman bersama masyarakat Islam di kawasan Perumnas Helvetia Medan pada Tahun1997. Pihak Badan Kenaziran Masjid Nurul Iman dan masyarakat sekitarnya menyerahkan kepada Kementerian Agama. Oleh karena banyaknya permintaan masyarakat agar Kementerian Agama dapat membangun Madrasah Tsanawiyah Negeri yang sejajar dengan SMP maka pihak Kementerian Agama menegerikan Madrasah Diniyah Awaliyah menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Medan pada Tahun 1997

Untuk kelancaran proses pelaksanaan KBM serta tertibnya administrasi Madrasah, maka ditunjuk dan diangkatlah Bapak Drs. H. Kasman, M.Ag untuk menjadi kepala Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Medan yang pertama. Dari sejak pertama berdirinya Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Medan Tahun 1997 sampai dengan sekarang telah empat (4) kali pergantian kepala Madrasah sbb :

 1.  Drs. H. Kasman, M.Ag dari Tahun 1997 s.d 2003

2.  H. Amran Rokany, S.Ag dari Tahun 2003 s.d 2008

3.  Drs. H. Hamidi Nasution, M.Psi dari Tahun 2008 s.d 2018

4.  Dra. Hj. N. Cici Mahruliana, M.Si dari tahun 2018 s.d 2022

5. Anas, S.Pd, M.Pd.I dari tahun 2023 s/d sekarang